2024年6月12日，高性能计算中心在线上成功举办了第二次“超算心得智享会系列讲座”。本次讲座采用腾讯会议形式，特邀华东师范大学精密光谱科学与技术国家重点实验室研究员梅晔老师作为主讲嘉宾。梅老师专注于多尺度分子模拟中的统计分析方法及其在结构生物学中的应用，并荣获上海市青年科技启明星、上海市拔尖人才和东方学者等殊荣。他已在科研领域发表学术文章百余篇，并坦言“几乎每一篇学术论文都离不开超算中心的支持”。
梅老师是高性能计算集群的资深用户，自华师大超算第一期建设就开始利用超算中心进行科研研究，至今已逾十年。尽管拥有多年的丰富经验，他仍谦虚地表示这些经验可能略显“传统”，期待在讲座中与听众深入交流，共同切磋。梅老师主要的专业领域是生物大分子的模拟，Amber24分子动力学模拟软件，是他日常科研中的关键工具。本次经验分享梅老师以在八期上安装Amber24为例，从使用的角度分享超算平台上软件安装的一次实践。
首先，梅老师演绎了在超算平台上的软件安装过程，介绍了超算平台的硬件配置，包括CPU核心数量、GPU类型、高速网络互联等。接着，梅老师讲述了CUDA编程环境与GPU计算配置，并针对Amber软件包串行和并行两个版本展开讲解。梅老师的讲述细致，针对其中可能遇到的问题包括GCC版本过低、网络配置问题等，他提出可以通过更新GCC和调整网络设置解决。此外，梅老师还介绍了OpenMPI并行计算环境配置，用于实现节点间的通信和同步。本次讲座不仅重现了在超算上进行Amber专业软件安装的完整过程，也讲解了如何避免在GCC编译器、OpenMPI等通用环境问题上“踩坑”，干货满满。
在讲座的最后，梅老师和学生的交流环节成为了亮点之一。学生们展现出了浓厚的学习兴趣和强烈的求知欲，纷纷就技术细节、编译过程中的实际操作问题向梅老师请教。问题涵盖了系统时间不匹配、重装系统后恢复工作进程、并行计算时间差异等多个方面，梅老师均一一耐心解答，现场讨论氛围热烈。
通过这次讲座，同学们不仅了解到了超算平台对科研的强大推力，还深入体会到了超算在科研中的广泛应用和重要作用，纷纷表示要进一步了解和学习超算平台，讲座在超算平台网站的学习资源分享中顺利落下帷幕。
供稿：高性能计算中心